För länge sen i en galax långt långt borta … hittar vi Phineas och Ferb mitt uppe i ett galaktiskt rebelluppror, en storslagen kamp mellan gott och ont bryter ut och bröderna ställs mot varandra när Ferb går över till den mörka sidan! Samtidigt försöker stormtroopern Candace desperat att stoppa killarna från att göra saker och ting ännu värre och hon tvingas att ifrågasätta sin lojalitet efter att Phineas räddar henne och hon inser att inte alla rebeller är onda. Endast näbbdjuret Perry känner till att en ännu större fara hotar universum… en ondskefull vetenskapsman vid namn Darth Enshmirtz har skapat en tankekontrolls-Inator som han planerar att använda mot rebellrörelsen.